De la maladie à corona virus 2019 (Covid-19) ou virus à couronne

Contexte

De nos jours il y a une surabondance d’informations sur la pandémie de la maladie au coronavirus au point où l’OMS qualifie la déferlante d’informations inexactes « d’infodémie ». Il y a actuellement plus de 24 000 publications scientifiques curetées sur les coronavirus [1]. Néanmoins, il nous semble utile à travers cette petite synthèse bibliographique sur le Covid-19 d’éclairer la lanterne de nos concitoyens dans un domaine qui leur est peut-être moins familier.

Qu’est-ce que le Corona virus ?

Le Dr André Michel LWOFF (1902-1994), Prix Nobel de Médecine/Physiologie en 1965 pour ses travaux (avec d’autres) sur les virus et les enzymes [2], est l’un des pionniers de la recherche sur les virus. Il a énoncé les caractères fondamentaux faisant des virus des entités nucléo-protéiques qui se distinguent des animaux, végétaux, bactéries et champignons. Les virus ont la particularité d’être des parasites obligatoires, incapables de se répliquer seuls mais dépendants d’une cellule hôte. C’est pour cela que les biochimistes ne les considèrent pas comme des êtres vivants mais des pseudo-organismes. La classification des virus repose sur la nature de l’acide nucléique du génome (ADN ou ARN), sa conformation géométrique (capside), et enfin la présence ou l’absence d’enveloppe (péplos). Les coronavirus (CoV) sont des virus à ARN monocaténaire (un seul brin), de structure sphérique et possèdent une enveloppe.

Il est bien connu que la survie des virus à enveloppe dépend de l’humidité de l’air, et de la chaleur car l’enveloppe est thermolabile, photolabile (lumière UV du soleil) et sujette à la dessication [3]. Cela pourrait être un avantage de lutte pour les pays africains sahéliens (Burkina Faso, Mali, Niger, Tchad et Mauritanie) où le climat est chaud, ensoleillé et sec. Ces avantages naturels doivent être bien exploités avec une bonne organisation médicale, sociale et politique avant l’hivernage, donc au plus tard en fin Mai 2020, sinon ça peut être plus fatidique.

La pathogénicité virale ne doit pas être négligée. Les africains doivent s’organiser au mieux le plus tôt possible car la grippe (virus H1N1) par exemple est une infection virale souvent bénigne et très fréquente mais sa pandémie de 1918-1919, a provoqué entre 20 à 50 millions de morts, soit 2 à 5% de la population mondiale de l’époque [4]!

Les Cov, bien connus dans la médecine vétérinaire, ont été découverts dans les années 1960 comme parasites de la bronchite infectieuse du poulet. Les hôtes initiaux des Cov sont par exemple les chauves-souris (Alpha-Cov et les Beta-Cov ) et les oiseaux (Gamma-Cov et Delta-Cov) [5, 6]. D’autres animaux tels que le pangolin assurent l’évolution et la dissémination des Cov. Plus tard, les Cov ont été responsables chez l’homme des graves épidémies comme le Syndrome Respiratoire Aigu Sévère (SRAS) en 2002/2003 et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), en 2012, ainsi que la pandémie de 2019. Cette pandémie a été causée par le new coronavirus (SRAS-nCov) ou SRAS-CoV-2, dont le premier épicentre était dans la ville de Wuhan, province de Hubei, en Chine continentale. La pandémie du Covid-19 (Corona Virus Disease 2019) est due à un beta-coronavirus, couvert de protubérances de protéines lui donnant l’apparence d’une couronne ou d’une ellipse. Une des protéines d’intérêt thérapeutique et vaccinal du virus est la protéine S (pour spicule) présente à la surface du virus et qui va s’attacher à nos cellules pour les reconnaître et les infecter. Le SARS-CoV-2, a une taille variable de 60 à 140 nanomètres [7, 8]. Son génome est constitué d’un ARN simple-brin (ssRNA) de 29 903 nucléotides [8].

Le Covid-19 est-t-il artificiel ?

Les outils actuels de la biotechnologie moderne permettent non seulement de modifier des êtres existants mais aussi de fabriquer des organismes « de novo » par le biais de la Biologie Synthétique car on peut chimiquement synthétiser des acides nucléiques, des protéines, des enzymes, des membranes des microorganismes, etc. La pandémie du Covid-19 s’accompagne actuellement d’un débat sur la bioéthique, notamment avec une vidéo circulant dans les réseaux sociaux et les télévisions sur l’invention du SRAS-CoV-2 par le biais du brevet EP 1694829B1 et WO 2005/056584 A2 daté de 2004 [11]. Il faut souligner que l’alignement des séquences du génome du SRAS-Cov-2 montre des différences avec celui du SRAS-CoV-1 ainsi que ceux des autres virus connus mais il très proche du virus trouvé dans les chauves-souris [12].

Les données actuelles ne permettent pas d’établir de manière formelle que le SRAS-CoV-2 émane d’une modification génétique volontaire ou de la création d’un virus par la voie de la Biologie Synthétique. Il est évident que le SRAS-CoV-1 et le SRAS-CoV-2, ont des génomes un peu différents, mais partagent suffisamment de points communs pour qu’un savoir-faire développé sur l’un soit adapté et ré-applicable sur l’autre afin de lutter contre l’autre. Le débat se poursuit car la coalition internationale CEPI (Coalition for Epidemic Preparedness Innovations) a déjà alloué à l’Institut Pasteur des millions d’euros pour les premières phases de développement d’un vaccin contre le SARS-CoV-2 [4]. Il ne serait donc pas étonnant qu’on nous branle rapidement un vaccin dans les mois qui suivent.

Pathologie

La pandémie du Covid-19 est très dynamique et croissante à travers le monde avec une létalité qui varie de 0,37% (Australie) à 10,09% (Italie) et donc un taux de guérison qui peut atteindre 99% dans certaines zones en fonction des prises en charges sanitaires [5]. Son incubation va de 2 à 14 jours. Le virus est présent dans les sécrétions respiratoires, mais aussi dans les urines, les selles, et le sang avec un pic de multiplication virale relativement tardif (10 jours après le début des signes cliniques). Sa diffusion nosocomiale est très importante mais on peut limiter sa propagation par des mesures d’hygiène. Certaines personnes commencent à se débarrasser du Covid-19 dans les deux jours suivant sa contraction, et avant qu’elle ne présente des symptômes, bien que ce ne soit probablement pas la principale façon dont il se propage.

Des études récentes sur des patients en Chine, ont montré que les survivants secrétaient le Covid-19 jusqu’à environ 20 jours (ou jusqu’à la mort) [7]. Dans de nombreuses régions, la morbidité et la mortalité sont particulièrement observées chez les personnes âgées et celles présentant des comorbidités telles que le diabète, l’obésité et l’hypertension [9, 10]. Il est établi que des niveaux élevés de glucose dans le sang peuvent également servir à supprimer la réponse immunitaire antivirale [9]. Pour le cas des enfants, le constat est qu’ils sont moins touchés [9, 10]. Plusieurs approches lient ce fait au vaccin contre la rougeole qui leur est administré. En fait, la rougeole est une maladie virale présentant beaucoup de symptômes similaires avec le Covid-19, ce qui contribuerait à renforcer l’immunité spécifique contre la famille des virus ayant des caractéristiques semblables.

Diagnostic virologique

L’OMS recommande de prélever des échantillons à la fois dans les voies respiratoires supérieures (échantillons naso- et oropharyngés) et dans les voies respiratoires inférieures. En laboratoire, l’amplification du matériel génétique extrait de l’échantillon de salive ou de mucus se fait par une réaction en chaîne polymérase par transcription inverse (RT-PCR), qui implique la synthèse enzymatique d’une molécule d’ADN double brin à partir de l’ARN viral. Une fois que le matériel génétique est suffisant, la recherche porte sur les parties du génome du virus qui sont conservées. Les sondes utilisées sont basées sur la séquence génétique du virus. Outre la RT-PCR on pourrait également effectuer des tests classiques de laboratoire tels que les tests immuno-enzymatiques (ELISA), radio-immunologiques (RIA) et la numération des globules blancs. Des valeurs accrues d’enzymes spécifiques et la protéine C réactive peuvent être des indicateurs. Chez les patients critiques on trouve des altérations biologiques [6]. De nouveaux tests utilisant les ciseaux moléculaires (CRISPR-Cas13) sont actuellement en train d’être développés.

Traitements thérapeutiques en cours

Selon l’OMS, le CDC (center for disease control) et la FDA (food and drug administration), il n’existe actuellement aucun médicament ou vaccin homologué pour le traitement ou la prévention de la Covid-19. Les essais cliniques actuels portent sur les antiparasitaires dont les antipaludiques, les anti-retro-viraux, et les antibiotiques, seuls ou en association synergique entre eux. En l’absence d’un schéma thérapeutique établi, la China International Exchange and Promotive Association for Medical and Health Care (CPAM) a adopté une directive sur le Covid-19 avec des recommandations sur la méthodologie, les caractéristiques épidémiologiques, le dépistage des maladies, la prévention, le diagnostic, le traitement ainsi que le contrôle des infections nosocomiales et soins infirmiers. Pour le traitement antiviral direct du Covid-19, la CPAM recommande l’utilisation des anti-retroviraux (lopinavir; ritonavir) en association avec l’interféron alfa.

Un groupe de médecins coréens expérimentés dans le traitement du Covid-19 a envisagé la chloroquine ou l’hydroxychloroquine [13, 14]. L’équipe du Prof Didier Raoult à Marseille a de ce fait réalisé sur cette base une étude sur un échantillon modeste de 36 patients dont 20 infectés et 16 témoins qui a montré que l’utilisation de l’hydroxychloroquine associée à l’azithromycine peut soigner les patients atteints de Covid-19 [15]. L’azithromycine avait déjà fait ses preuves contre les virus Zika et Ebola et sur les malades souffrant de problèmes respiratoires liés aux virus. Les seules limites de ces travaux sont la taille des échantillons. D’autres travaux sont en cours dans le monde pour l’utilisation de la ribavirine, le sofosbuvir, l’interféron alfacon-1, le remdesivir pour le traitement du Covid-19 [7, 13, 16]. L’utilisation du plasma sanguin des personnes ayant survécu au Covid-19 pour l’injecter chez les malades est également en cours d’étude [11]. L’idée ici est que le plasma du survivant du virus, a assez d’anticorps (immunoglobulines) dirigés contre le virus. Toutefois chaque pays est libre d’effectuer des essais de son choix en fonction de ses possibilités et de ses décisions politiques.

Quelles sont les mesures de prévention du Covid-19 ?

Voici quelques recommandations de l’OMS et d’autres organisations scientifiques internationales :
•Laver fréquemment les mains, avec du savon (de préférence des savons locaux qui sont des sels d’acide gras organiques à base de lipides de karité, coton, arachide, coco (kabakrou), neem, beurre de vache, etc.) ou nettoyage avec une solution hydroalcoolique (éthanol/isopropanol + peroxyde d’hydrogène +glycérine+ eau, approx : 83/0,1/1,5/15,4, v/v);

•Il faut couvrir votre bouche et votre nez lorsque vous toussez ou éternuez dans le creux du coude ou dans un mouchoir et loin des gens ;
•Les personnes présentant des symptômes d’infection aiguë des voies respiratoires doivent être isolées,
•Evitez de toucher les yeux, le nez et la bouche;
•Veuillez garder vos distances d’au moins 1 à 2 mètres avec quiconque;
•Confinement. Restez chez vous tant que possible et suivez toutes les instructions délivrées par les autorités sanitaires et étatiques locales;
•Il faut désinfecter dans la mesure du possible les domiciles et les lieux publics (classes, amphis, lieux de culte, etc) ;

• Évitez tout contact étroit avec des personnes souffrant d’infections respiratoires aiguës;
•Évitez tout contact non protégé avec des animaux d’élevage ou sauvages;
•Renforcer, notamment, dans les services de médecine d’urgence, l’application de mesures d’hygiène strictes pour la prévention et le contrôle des infections;
•Les personnes immunodéprimées devraient être plus prudentes et éviter les rassemblements publics;
•Prendre si possible un bain solaire dans un environnement sec et chaud;
•Avoir une bonne alimentation équilibrée et consommer les fruits et légumes frais, qui sont au préalable bien désinfectés ;

•Faire quelques exercices physiques au minimum (30 min/jour) et ne pas rester cloitré à la maison sans bouger. On peut utiliser si possible les applications gratuites (pédomètre) sur les androïdes pour suivre les exercices physiques journaliers ;
•Bien dormir pour minimiser la demande en oxygène et la demande métabolique ;
•Garder le moral haut, se décompresser, être enthousiaste et optimiste et penser que la maladie n’a pas seulement des inconvénients mais aussi des avantages sur notre hygiène de vie et cela a un effet positif sur la santé et l’évolution de l’humanité.

Quelques conseils nutritionnels et d’hygiène de vie

Hippocrate (460 – 351 avant J.C.) considéré comme le père de la médicine moderne disait “Que ton alimentation soit ta première médecine et que ta première médecine soit ton alimentation ». Il poursuit “Nous sommes ce que nous mangeons.” De nos jours on parle de nutraceutiques ou d’« alicaments », qui sont des nutriments ou substances bioactives présentes dans les aliments et qui participent activement aux réactions métaboliques pour maintenir les fonctions d’un organisme et même renforcer le système immunitaire. Avec ou sans Covid-19, il faut veiller à avoir une alimentation équilibrée et diversifiée. Pour le renforcement du système immunitaire, il est conseillé de consommer les produits locaux et naturels riches en vitamines (notamment la vitamine C), antioxydants, en acide gras essentiels (omega-3 et 6), policosanols (alcools gras) et sels minéraux (notamment le zinc, le fer et le sélénium).

Dans le contexte du Burkina Faso, on peut citer comme exemple de fruits et légumes frais disponibles tels que le Deutarium microcarpum, le citron, l’orange, l’avocat, la carotte, la tomate, la laitue, la mangue, la goyave, le pain de singe (Andansonia digitata), etc. La littérature révèle également certaines plantes riches en composés phénoliques (procyanidines, isoflavonoides tels que la baicaleine et le resveratrol), en molécules immunostimulantes, en propriétés antioxydantes et en inhibiteurs naturels de beaucoup de virus : raisin, gingembre, thé vert, cola, bissap, moringa, ail, oignon etc. Les céréales entières riches en tanins, tel que le sorgho rouge pourraient être recommandées non seulement pour les personnes diabétiques mais aussi pour les personnes infectées par les virus. Il faut boire beaucoup d’eau et éviter les aliments de rue en privilégiant dans cette période de pandémie des aliments préparés à la maison.

Comment arrêter le virus ?

Il est envisagé essentiellement quatre méthodes pour arrêter le Covid-19. L’une implique des restrictions extraordinaires sur la mobilité (confinement, isolation, surveillance, fermeture des marchés, etc.). Cela peut être réalisable à court terme mais difficile, voire impossible pour les pays africains où le secteur informel est très important et environ 80% de la population vit directement ou indirectement du secteur agricole. Ces mesures ne sont pas aussi accompagnées d’initiatives économiques et de prises en charge sociale de la population. La seconde est de trouver des médicaments, y compris les médicaments traditionnels pour soigner les malades. La troisième approche est un vaccin, mais lent à trouver à moins que certaines structures étatiques ou privées ne l’aient déjà dans leurs laboratoires dans le cadre de la lutte contre le bioterrorisme ou à but commercial.

La quatrième solution, qui peut être confrontée aux problèmes de bioéthique c’est l’immunité collective ou immunité grégaire. Elle consiste à laisser les personnes les moins vulnérables attraper le Covid-19 tout en protégeant les personnes les plus vulnérables. Si le virus continue de se propager, tant que les personnes infectées survivent, elles seront immunisées et la pandémie se dissipera d’elle-même au fur à mesure que le germe aura de plus en plus de mal à trouver un hôte sensible [11]. Ce plan B est envisagé par beaucoup de gouvernements à travers le monde car le confinement risque d’être intenable s’il perdure mais le problème de ce concept est la réinfection des personnes guéries et les conséquences inhérentes.

Quel est la contribution de la recherche scientifique locale et de la médecine traditionnelle ?

La recherche scientifique dans beaucoup de pays africains soufre de manque de financement consistant de l’Etat et du Secteur Privé. Les enseignants-chercheurs et chercheurs sont laissés à eux-mêmes sans aucune vision claire au niveau des institutions. A quelques exceptions près, les acteurs effectuent la recherche en fonction des orientations des financements extérieurs difficiles à obtenir (FIS, UE, UA, UNICEF, UNESCO, OMS, TWAS, FAO, BM, UEMOA, SIDA, DANIDA, AIEA, DAAD, USAID, CDC, CUD-ARES, AUF, AFC, CRDI, RFF, NUFFIC, etc.) ou pour leur carrière académique au CAMES. C’est pour cela que beaucoup d’acteurs à tort ou à raison préfèrent se focaliser dans les consultations, les cliniques privées, l’enseignement privé, les postes dans l’administration, etc. Les rémunérations et les primes des acteurs de la recherche sont faibles pour motiver la recherche/innovation scientifique et la fidélisation des acteurs dans les structures publiques. La diminution actuelle de leur salaire par le biais du « nouvel IUTS » n’arrange pas aussi les choses et pourrait clochardiser les acteurs au lieu de les encourager.

Les universités publiques et privées ne disposent d’aucune ligne budgétaire pour la recherche car le pays souffre de manque de vision et de volonté politique en matière de recherche. Au Burkina Faso, le FONRID supporte surtout de petits projets de recherche-développement ou de transfert de technologie mais pas de recherche fondamentale. Au niveau du dispositif législatif, la loi Nº 38-2013/AN du 26 novembre 2013 portant loi d’orientation de la recherche scientifique et de l’innovation souffre de non-application. Pourtant les articles 60 à 63 de cette loi prévoient le financement de la recherche scientifique. Même en ce qui concerne la mise en place d’un haut conseil scientifique prévu par la loi, il a fallu attendre l’arrivée du Covid-19 en mars 2020 pour voir ce conseil se créer. De plus, l’interaction synergique entre ce conseil et l’Académie nationale des sciences, des arts et des lettres (créée par la loi N°021-2015/CNT du 11 Juin 2015) n’est pas claire.

Espérons qu’en s’inspirant des exemples du Dr Valentin Agon, du Bénin avec son apirivine suggéré grâce à la recherche scientifique locale pourrait être testé contre le Covid-19, les secteurs publics et privés comprendront que la recherche scientifique peut à tout moment apporter à long terme sa contribution au développement du pays. Beaucoup d’acteurs scientifiques au Burkina Faso ont des projets originaux et innovants qui dorment dans les tiroirs par manque de soutien. Bien que la médecine traditionnelle soit acceptée au Burkina Faso (loi n°23/94/ADP du 19 Mai 1994, portant code de la sante publique), elle peine à s’imposer dans l’échiquier sanitaire. Dans le cadre de la lutte contre le Covid-19, de nombreux remèdes de décoction de plantes diverses sont conseillées par certains tradipraticiens. Le problème du Covid-9 est qu’il est une nouvelle maladie qui n’a jamais été traitée par les professionnels traditionnels de la santé. Quand on sait que la médecine traditionnelle se construit sur l’observation et l’expérimentation parfois sur de longues années, il n’est scientifiquement pas facile de l’internaliser, mais il faut aussi explorer cette piste.

*N.B. Seules les autorités sanitaires du pays et l’OMS sont plus compétentes pour donner des consignes de santé publique relatives à une maladie y compris la pandémie du Covid-19.

Pr Mamoudou H. DICKO, PhD
Professeur Titulaire de Biochimie/Biotechnologie de Classe Exceptionnelle
Université Joseph-Ki-Zerbo, UFR-SVT, LABIOTAN, Burkina Faso
Email : mamoudou.dicko.2013@gmail.com, URL : http://works.bepress.com/dicko

Références
1. https://www.elsevier.com/connect/coronavirus-information-center, https://www.nature.com/collections/hajgidghjb
www.who.int/fr/COVID-19
2. https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/1965/lwoff/biographical/
3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK554776
4. https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/grippe
https://www.pasteur.fr/fr/search/covid-19.
5. https://fr.wikipedia.org/wiki/Coronavirus,
6. https://fr.wikipedia.org/wiki/Pand%C3%A9mie_de_maladie_%C3%A0_coronavirus_de_2019-2020#cite_note-22
7. MIT Technological review. https://www.technologyreview.com/collection/coronavirus/
8. Wu et al., A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019. February 20, 2020. N Engl J Med 2020; 382:727-733.
9. Zhang JJ, et al. Clinical characteristics of 140 patients infected by SARSCoV-2 in Wuhan, China. Allergy 2020; DOI:10.1111/ all.14238.han‐Yeung M, Xu RH. SARS: epidemiology. Respirology. 2003; 8: Suppl:S9-14
10. https://www.bbc.com/afrique/monde-51645173
11. https://www.epo.org/searching-for-patents.html).
12. D. Paraskevis et al. Infection, Genetics and Evolution 79 (2020) 104212
13. Wang M, Cao R, Zhang L, Yang X, Liu J, Xu M, et al. Cell Res 2020;10-0282.
14. Gao J, Tian Z, Yang X. Breakthrough:. Biosci Trends2020 Feb 19. doi: 10.5582/bst.2020.01047.
15. Gautret et al. (2020) International Journal of Antimicrobial Agents. In Press 17 March 2020 – DOI : 10.1016/j.ijantimicag.2020.105949
16. Agostini ML, et al. MBio 2018;9(2):1–11